Merkez ilçe, Amasya şehrini ve onu çevreleyen kırsal kesimi kapsar. Yaklaşık 1.889 kilometrekarelik alanıyla ilin üçte birinden fazlasını kaplar ve il nüfusunun yüzde kırk dördünü barındırır. Şehir, Yeşilırmak'ın açtığı dar vadide, 411 metre yükseltide kurulmuştur. Hüseyin Hüsâmeddîn'in tarifine göre bu vadi kuzeydoğuda Ziyere'den, yani bugünkü Ziyaret'ten, güneybatıda Çalan mevkiine kadar on üç kilometre kadar uzanır ve dış dünyaya üç boğazla açılır: ırmak boyunca Taşova'ya giden kuzeydoğu boğazı, Suluova'ya inen kuzey boğazı ve Derbend ile Çalan üzerinden batı ovasına çıkan güneybatı boğazı. Harşena'nın eteğindeki Pontus kral mezarları, kale ve Helvacı Mahallesi sınırında kayaya oyulmuş Ferhat Su Kanalı ilçenin en eski yapıları arasındadır.
Osmanlı döneminde Amasya merkez kazası XVI. yüzyıl başında altı nahiye ve 321 köyden oluşuyordu. Hüsâmeddîn'in yazdığı yıllarda kaza dört nahiyeye ayrılmıştı: merkezi Akviran olan Akdağ, merkezi Ezinepazar olan Öz, Suluova ovasını içine alan Hakala ve merkezi Ortaköy olan Geldiklan. Ezinepazar'da Hacı Hamza Bey'in camisi, Mehmed Ağa'nın hanı, hamamı ve zaviyesi bulunuyordu; köy 1987'de belde olmuş, 2013'te yeniden köy statüsüne dönmüştür. Göynücek 1954'te, Suluova 1957'de bu kazadan ayrılarak ilçe oldu.
TÜİK'in 2025 verilerine göre ilçede 40 mahalle ve 100 köy vardır. Mahallelerin üçü, eski adı Zemendu ya da Ziyere olan ve 1958'de belediye kurulan Ziyaret beldesine bağlıdır. Vadi tabanındaki bağ ve bahçelerde misket elması ve çiçek bamyası yetişir; Akdağ eteklerindeki yaylalar eskiden beri yazlık otlak olarak kullanılır. Köyler arasında, çuha dokumasıyla coğrafi işaret alan Yassıçal ve Şeyh Şâdî türbesinin bulunduğu Şeyhsadi gibi kendine özgü geçmişi olan yerleşimler vardır.
