Amasyalıdır. Mustafa mahdûmudur. Esbak Amasya müftüsü Koca Emîr İbrâhim Efendi’den ikmâl-i tahsîl etdikten sonra İstanbul’a gidip Şeyhülislâm Amasyalı Zenbilli Alî Efendi dersinde iktisâb-ı fezâ’il ederek andan mülâzim [477] ve ba’dehû müderris olup devr-i medâris ederek Sahn’a kadar geldi.
932’de üstâd ve hâmîsi olan Zenbilli Alî Efendi’nin irtihâline binâen Sahndan azledilip Amasya’da Hüseyin Ağa Medresesi müderrisliğine nasb ve i’zâm edildi. 936 senesi muharreminde Sultân Bâyezîd müderrisi ve Amasya müftüsü oldu.
Ancak zamân-ı fetvâsında Şî’iler’e karşı mutasallibâne hareket ve onları tazlîl ederek i’zâb eylediğinden “Nakîzî” diye Şî’â arasında lakâb verilmiş, Sünnîlerle Şî’iler arasında fitne hudûsüne sebebiyyet vermiş olduğundan 939’da mecbûr-ı isti’fâ olup İstanbul’a gitdi.
940 senesi zilhiccesinde Amasya’da zuhûr eden kanlı hâdiseden dolayı tekâ’üde sevkedilip 943’de vefât etdi. Mustafa Cenâbî Efendi “el-Aylemü’z-Zâhir” eserinde diyor ki: Mevlânâ Bâyezîd Nakîzî, âlim, fakîh, ulûm-i şer’iyyede mâhir, müteşerri’ bir zât idi.