Aslen Hakkârilidir. Kendisinin hattıyla görülen [305] bir kitâbede “Ali bin el-Emîr Mecdüddîn Ömer bin Ahî el-Emîr Ziyaüddîn İsa el-Hakkârî” mahdûmu olduğu anlaşıldı. 682’de verdiği bir hüccet bâlâsında “İsa bin Ali el-Hakkârî” imzâsı görüldü.
Pederinin amcası olan Emîr Ziyaüddîn İsa bin Mehmed’in nesebini Şemseddîn Ahmed bin Hallikân “Vefeyâtü’l-A’yân” adlı eserinde şöyle yazıyor: “el-Fakîh Ebû Mehmed İsa bin Mehmed bin İsa bin Mehmed bin Ahmed bin Yûsuf bin el-Kâsım bin İsa bin Mehmed bin el-Kasım bin Mehmed bin el-Hasan bin Zeyd bin el-Hasan bin Ali bin Ebî Talib -radıyallahü anh-hâkezâ ümliye ala-nesebihî veledi veledi ehîhi ve yukâlu lehû el-Hakkârî el-mülakkab Ziyâüddîn.”
Bu zât Sultân Salahaddîn Eyyubî vezîri olduğu ve 585’de vefât etdiği ve birâderi Emîr Mecdüddîn Ebû Hafs Ömer el-Hakkârî de 560 recebinde doğup 636 zilhiccesinde Mısır’da vefât etdiği yazılıdır.
Bu Mecdüddîn Ömer’in hafîdi olan sâhib-i terceme Ziyâüddîn Ebû’l-Mekârim İsa bin Ali el-Hakkârî Mısır’da ikmâl-i tahsîl ederek Amasya’ya geldi. Tedrîs-i ulûm ederek fazl ve kemâlini gösterdi. Amasya vâlisi [306] Seyfeddîn Torumtay’a kendisini beğendirmiş olduğundan Torumtâiyye Medresesi müderrisi ve ba’dehû Amasya kâdı’l-kudâtı oldu. 682’de Amasya kadısı görüldü.
Kaç yıl Amasya kadısı olduğu ve hangi târihte anlaşılamadı. Ancak 684 târihinde Gıyâseddîn Mahmûd Garmînî Simre-i Amasya kâdı’l-kudâtı görüldüğünden bu târihlerde vefât etmiş olduğu tahmîn edilebilir. Mahdûmu Mevlânâ Mecdüddîn Ömer bin el-Hakkârî de Amasya kâdı’l-kudâtı oldu.