Göynücek, Amasya'nın güneybatısında, Yeşilırmak'ın kolu Çekerek Irmağı'nın vadisinde yer alır. Doğuda Tokat'ın Zile, batıda Çorum'un Ortaköy, güneyde Yozgat'ın Aydıncık ilçeleriyle, kuzeyde Amasya Merkez ile komşudur; bu konum onu dört ilin kesiştiği bir noktaya yerleştirir. Arazi engebelidir, batıda Karadağ, güney ve doğuda Tekke Dağı yükselir. İlçe, Karadeniz ile İç Anadolu arasındaki geçiş kuşağının kurak yüzüne bakar.
Yerleşim geçmişi Kalkolitik Çağ'a uzanır. Ayvalıpınar höyüğü bu çağın, yaklaşık on beş metre yüksekliğiyle Orta Karadeniz'in en büyük höyüklerinden sayılan Gediksaray Höyüğü ise Erken Tunç Çağı'ndan Roma dönemine kadar süren yerleşmenin izlerini taşır. Gökçeli köyü yakınında, Çekerek vadisine hâkim kayalık bir tepedeki Gökçeli Kalesi Demir Çağı'nda kurulmuş, Roma döneminde garnizon olarak kullanılmıştır; kayaya oyulmuş doksan sekiz basamaklı merdiveni bilinir. Gediksaray, 1300 ve 1876 tarihli kayıtlarda Varay adıyla geçer. XIX. yüzyılda yöre Varay nahiyesi aracılığıyla Mecitözü'ne bağlıydı. Göynücek 1922'de ilçe olmuş, 1926'da bu statüyü yitirmiş, 4 Mart 1954 tarihli kanunla yeniden ilçe kurulmuştur; bir dönem Çorum'a bağlı kaldığı da bilinir.
Ekonomi tarıma dayanır. Çekerek Ovası'nda bamya, soğan, şeker pancarı, arpa ve buğday yetişir; yörede söylenen "Amasya'nın elması, Göynücek'in bamyası" sözü ilçenin ününü özetler. 2018'de menşe adıyla tescil edilen Amasya çiçek bamyasının üretim alanı Göynücek'i de kapsar. Ilısu köyünde yöre halkının kullandığı bir kaplıca vardır, Mahir Çavuş halk oyunu da bu ilçeye bağlanır. TÜİK'in 2025 verilerine göre Göynücek'te Cumhuriyet, Merkez ve Yeni olmak üzere üç mahalle ile 38 köy bulunur.
